――西暦2000年南極に大質量隕石が落下。かくして有史以来未曾有のカタストロフィー「セカンド・インパクト」は起こった。水位の上昇、天変地異、経済の崩壊、民族紛争、内戦……世界人口は半分に激減。――それから15年、ようやく復興の兆しが見え始めた頃、人類に新たなる危機が訪れた。「使徒」である。　次々に襲来する正体不明の巨大戦闘兵器群。果たして彼らはその冠する名のごとき「神々の使い」なのか……。予測されていた「使徒」の襲来に対抗すべく人類は汎用人型決戦兵器「エヴァンゲリオン」を開発。2015年にはすでに3体を実用化していた。そして「エヴァ」のパイロットには、「3人の少年と少女」が選ばれた。大人たちは彼らに未来への希望を委ねざるをえなかったのである。その肩に、人類の存亡という大きすぎる運命を担った少年たちの戦いが今、始まる――。

ある日の朝、碇シンジは通学途中に一人の少女と偶然ぶつかってしまう。少女の名は「綾波レイ」。シンジのクラスに転校生としてやってきた謎多き少女だ。 TVの「エヴァ」とは違った設定で贈る「学園エヴァ」が登場!!

中学生の碇シンジは、平々凡々な毎日を送っていた。ある日、クラスに転校してきた渚カヲルと出会うことによって、レイ、アスカと共に「使徒と戦う」という使命を課される――。